>[оверквотинг удален]
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] InnoDB: Unable to create temporary file; errno:
> 0
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] InnoDB: Plugin initialization aborted with error
> Generic error
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE
> failed.
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] Failed to initialize plugins.
> 2018-06-12T10:52:10.298798Z 0 [ERROR] Aborting
> Выводит подобные ошибки, innoDB не инициализируется, подскажите пожалуйста.

Скорее всего, не хватает прав или места на дисковом разделе. Почему errno выставлена 0 — не понятно, скорее всего, между местом возникновения ошибки и местом её вывода в программе она заботливо кем-то сбрасывается.

Я бы запустил mysqld вручную, из-под strace -e open, и посмотрел, на чём он обламывается, а там уже делал выводы.