Так это проблемы систем.Майкрософт сделал браузер-библиотеку и использует его везде. Нынче это модная технология "всё - web", "web везде", "объединение internet, intranet и desktop".
Реализация грамотная, все под рукой. И программировать удобно. Целостная система.
Опера сможет предложить всю ту функциональность, что предоставляет библиотека IE? Сомневаюсь...
Опера хочет быть просто браузером? Тогда вернулись к тому, что я сказал ранее.
GNOME Nautilus, KDE Konqueror - попытки сделать то же самое...
Реализация диктуется не желанием Майкрософт всех поиметь (ну, или не только желанием), а потребностями, тенденциями.
Да, и что за слово такое "интегрирует"? Газетчики придумали?
Ставьте другой "window-manager" вместо Windows Explorer - и всё. В ядро Виндов IE не "интегрирован".