А никто не сойдется на одном решении. Это из разряда утопии - недостижима.Казалось бы тривиальная вещь вроде пакетов и менеджеров для них, сядьте сразу подумайте все вместе и создайте одну спецификацию, сделайте это стандартом and move on. Но нет, в чем-то не сошлись во мнениях, а сейчас так или иначе и rpm и deb мало чем отличаются из-за твиков в пакетных менеджерах(зависимости не такая острая проблема rpm теперь).
Те же основные тулкиты. Раньше была проблема Qt - проприетарщина, создали GTK+, на сегодняшний день Qt тоже свободная. Скооперировались и создали один, убили много дублирующихся библиотек ? Нет.
А если глянуть на то, что творится с "большие скрипты vs маленькие, но с systemd"...
В ранние дни надо было думать об этом, сейчас никто шевелится не будет, иначе простой возникнет. Нет, если у вас есть многа многа денег, то можно их всех собрать и сказать "надо Федя, надо".