1. Серьезная исследовательская работа для мобильного приложения? Можете назвать реальный пример? На мобайлах в основном все очень утилитарно в плане кода. Не считая игр, пожалуй - но инновации в технологиях там приходят совсем не из мобильных игр. Я не встречал таких примеров, чтобы мобильное приложение было чем-то действительно оригинальным с кучей вложенного времени в разработку уникальных алгоритмов.2. Вы всерьез полагаете, что вашу патентованную математику легче вытащить из жаваскрипта, чем из нативного кода? Учтите, что на натив тоже особо много не навесишь, ибо математически сложный код как правило должен еще и быстро работать, иногда и под микроархитектуру точится. И там, и там будет средней обфусцированности оптимизированный (=плохо разбираемый) код с
3. (следует из 2) делайте так, чтобы нечего было скрывать. Я серьезно. На мобайлах это реально, ваш пример про игровой ИИ очень слаб, т.к. область отлично изучена. Иногда это нереально, но тут приложений в таких нишах просто нет.
Вообще, ваш вопрос больше выглядит как теоретизирование. Практика показывает, что это не проблема.