оно и ясно:setInterval() -- является опасной функцией (лучше эмулировать её через setTimeout() с интеграцией дополнительной проверки "нужно ли всё ещё продолжать цикл? если мы делаем анимацию -- то принадлежит ли анимируемый элемент всё ещё к родителю document.body ?")
а clearTimeout()\clearInterval() -- является безполезной функцией, так как нет смысла отменять таймер. на много лучше отменить ДЕЙСТВИЕ которое должно было бы производиться по таймеру -- так как такой способ более безопасен, и примерно также затратен по ресурсам как и clearTimeout()\clearInterval().
вся проблема clearTimeout()\clearInterval() -- в том что в качестве агрумента они принимают целочисленное число. и таким образом алгоритм скрипта может допустить ошибку и остановить не тот таймаут, который нужно было бы остановить (точнее сказать ошибку допустит программист, а не скрипт. скрипт же не виноват в том что прогрммист забыл учесть все возможные ситуации:)).
именно поэтому clearTimeout()\clearInterval() -- опасны для применения. и останавливать таймают лучше изнутри сработавшего (по таймеру) кода.
например мы могли бы по ошибке применить clearTimeout() к ситуации когда код по таймеру уже успел выполниться. и в этом случае было бы печально если просроченный идентификатор таймаута -- случайно совпадёт с идентификатором другого таймаута -- а этом очень возможно, так как целочисленные идентификаторы НЕ уникальны (их значения могут повторяться).