У меня тоже касперский 5.0
Проблемы с обновлением баз из локальной папки пропали после того как в скрипт для укачки добавил строчки которые мне посоветовал kravchuk.

/usr/local/bin/wget -C off -Y on -np -l1  -N -nH -r http://downloads3.kaspersky-labs.com/updates_ext
rm -f /home/avp/updates_ext/*=*
rm -f /home/avp/updates_ext/*.txt
rm -f /home/avp/updates_ext/index.html