>Правила записывал по разному. Не пробывал только сделать через таблицы.
>Поллинг выключал, разультата не дало.
>Шейпер начинает ограничивать правильно как только снижается кол-во трафик через роутер,
>где-то на треть.

У меня на freebsd 7.1 трафик проходит до 60Мб 1800 правил типа
pipe 1 ip from any to 192.168.0.0 in recv em1
pipe 2 ip from 192.168.0.0 to any in recv em0
+ правила для приоритезации.
Поллинг выключен, все режеться четко по скоростям.
Проблема похожая на вашу возникала, но все решилось разделением правил по интерфейсам путем добавления in recv em.

При поллинге лично у меня dummynet работал не правильно, хотя знаю людей которые утверждаю, что у них при поллинге все отлично работает.
Попробуйте использовать gred вместо fifo, но опять же у меня gred не резал правильно.