>На GW1 прописываю маршрут:
>route add 192.168.0.115 gw 192.168.99.9
>route add -net 192.168.212.0/24 gw 192.168.0.115
>На GW3:
>route add 192.168.0.115 gw 192.168.212.244
>route add -net 192.168.99.0/24 gw 192.168.0.115

Вообще-то стоит понимать, что, шлюзом можно прописывать адрес из своих сетей.

Вы хоть после прописания таких маршрутов, посмотрели ip ro?

Вы сделали у себя на серваках net2net ipsec, добавить маршруты не получиться в такое соединение, ибо это transport.

В вашем случае надо поднимать peer2peer ipsec, потом gre туннель, и прописывать маршруты уже на туннель.

http://wiki.dodex.org/?p=546   первый вариант
а потом
linux# ip tunnel add tun0 mode ipip remote IP1 local IP2
linux# ifconfig tun0 TUN2 pointopoint TUN1
linux# ifconfig tun0 mtu 1500
linux# ifconfig tun0 up