>> X-apps(х'овые приложения = клиент) <-> XServer (x'овый сервер)
>> технология клиент <-> сервер
> LAVR, спасибо за мысль.
> У нас сейчас работает GUI LXDE, будем пользоваться SSH.
> Потому что наш софт , насколько я знаю, не имеет подразделения на
> клиент-сервер.
> Это GROMACS, AUTODOCK, VINA, PyMOL, Chimera и прочее....

Без обид, у Вас просто не хватает знаний, они из прошлого века.

Чтобы проще было двигаться дальше, простой пример, дано:

- unix-like сервер без GUI, далее linux
- Windows десктоп, далее windesk

Не хочу использовать программы терминальной эмуляции для
работы под windesk с linux, ну например putty.

Но хочу иметь возможно запускать графические или иные приложения
на linux, а вывод на экран windesk.

Простой пример, как уже было сказано ранее, в linux не установлен
Xserver и X-Desktop среда, они и не нужны для удаленной работы,
как минимум, достаточно установить xterm - это графический
эмулятор терминала, при установке он подтянет необходимые
x'овые библиотечные зависимости.

Теперь, в Windows достаточно установить XServer и все, можно
заходить удаленно на linux сервер и запускать приложения,
которые благодаря технологии КЛИЕНТ<-> СЕРВЕР, будут
выводиться на графический терминал (монитор) Windows.

В данном случае, XServer будет запускаться на Windows workstation,
а x-apps (x'овые приложения) мы запускаем на Linux сервере, а
вывод получаем на графический терминал Windows wks.

В Windows - скачиваете и устанавливаете MobaXterm:
https://mobaxterm.mobatek.net/
в бесплатной версии есть ограничения на кол-во одновременных
сессий, Вам хватит за глаза.
И наслажаетесь.
Создаете в настройках MobaXterm - сеанс для входа на linux сервер
по SSH, заходите и запускаете:

# xterm
у Вас откроется окошко эмуляции linux-терминала прямо в Windows
# xterm &
& - будет означать запуск в background

Внутри xterm - запускаете любые приложения на linux сервере, весь
вывод будет на графический терминал Windows.

То есть, под Windows Вы запускаете XServer, а в linux x-application
с указанием X-Display, где X-Display - windows host с X-сервером.

Еще одна бесплатная альтернатива:
http://www.straightrunning.com/XmingNotes/ - Xming сервер для Windows

любое x'овое приложение, можно запустить с указанием DISPLAY - переменная
задающая X сервер, в MobaXterm by default сеанс работает через SSH,
в котором автоматически устанавливается переменная DISPLAY, в
общем же виде команда xterm:

# xterm -display host:0.0
# xterm -display ip:0.0

в переменной DISPLAY задается hostname или ip-адрес где работает Xserver,
0.0 - номер графического экрана

не могу дать хорошую ссылку< первое что нашел на вскидку для понимания:
http://rus-linux.net/nlib.php?name=/MyLDP/BOOKS/Linux-tools/...
http://inp.nsk.su/~bolkhov/teach/inpunix/x11.ru.html