> Во многих современных мессенджерах, чтобы зарегаться, нужно указывать номер телефона,
> который потом тебе приходит код для активации аккаунта. Но таким образом
> пользователь деанонизируется, так как по номеру телефона его легко вычислить. Как
> убрать это звено в мессенджере? Но так, чтобы какой-либо пользователь-злоумышленник не
> смог наплодить миллиард аккаунтов и задосить сервер?

По отпечаткам пальцев :)

С какой целью интересуетесь?

Когда мне несколько лет назад снилось, как я создавал аккаунты чтобы полонценно мордокнигу краулить, мы покупали самые дешёвые симки в минимаркете. Они протухали месяцев через 6, порядка десятки штук нам хватило. Не в РФ. Для массовости не подходит, дорого.

Чтобы лично полноценно посидеть в чате, есть риск что потребуется воссатновить доступ, а симка уже превратилась в тыкву. Можно держать для таких случаев специальную "анонимную симку" купленную за границей, где не заставляют её привязывать к паспорту. Держать у себя в перманентном роуминге, или в руках друга за границей. Не знаю как на это посмотрит законодательство.

Если вы изучаете опции с точки зрения организатора чата, то можно применить прстой принцип: Пусть зарегистрировать и использовать аккаунт будет "дорого". Достаточно дёшево чтобы не отпугнуть пользователя, но слишком дорого чтобы массивное ботоводство было рентабельным.
"Дорого" не обязательно в деньгах. Пусть пользователь вычисляет что-нибудь громоздкое при регистрации, и/или тратит внутричатовые кредиты при отправке сообщений.
Посмотрите на экономические методы, которые прдлагаются для борьбы со спамом в электронной почте. Они могут быть неприменимы практически для e-mail из-за разрозненности, но работоспособны в централизованной платформе.

> Во многих современных мессенджерах, чтобы зарегаться, нужно указывать номер телефона,
> который потом тебе приходит код для активации аккаунта. Но таким образом
> пользователь деанонизируется, так как по номеру телефона его легко вычислить. Как
> убрать это звено в мессенджере? Но так, чтобы какой-либо пользователь-злоумышленник не
> смог наплодить миллиард аккаунтов и задосить сервер?

Не понял, вы свой чат делаете?

> Но так, чтобы какой-либо пользователь-злоумышленник не
> смог наплодить миллиард аккаунтов и задосить сервер?

1) Потребовать разрулить капчу.
2) или proof of work при логине и периодически чтобы онлайн висеть. Тогда миллиард аккаунтов станет довольно затратным в содержании и на ддос придется нескольким датацентрам пахать а это уже дорого.