>Есть ли разница в использовании внешнего или внутреннего (установленного на той-же машине
>со Squid`om) Кеш-DNS?
>Как правильно настроить взаимодействие Squid и DNS?

если у тебя поднят bind, то разумеется лучше внутренний использовать для уменьшения трафика. если канал  узкий и юзеров много, рекомендую компилить
сквид с --disable-internal-dns и в конфиге указать число чилдренов для обработки запросов днс