>День добрый,
>столкнулся с такой проблемой - провайдер считает 40 одновременных запросов вирусной активностью,
>и отключает логин.

iptables -I OUTPUT -p tcp -m state --state NEW -m recent --name spamm --update --seconds 1 --hitcount 40 -j REJECT --reject-with tcp-reset

>У меня больше 400 пользователей и все идет через сквид, можно ли

В сквиде, может быть, придётся уменьшить (если поможет, если это оно...) время кеширования "отрицательных" ответов на запросы....

>ограничить каким либо образом количество одновременных запросов?

Пользователям %-) "понравится"...