Обычно скрипты располагаются в каталоге /etc/init.d/ а в каталогах /etc/rc[0-6].d/ располагаются симлинки на соответствующие скрипты в /etc/init.d/
симлинки создаются со специальными именами: {S|K}XXname где S означает Start, K - Kill, XX - порядковый номер, скрипты запускаются по порядку ну исобсна само имя скрипта. Пример:

# ls -la /etc/rc2.d/
итого 20
drwxr-xr-x   2 root root  4096 2007-09-10 19:40 .
drwxr-xr-x 133 root root 12288 2007-09-11 07:44 ..
lrwxrwxrwx   1 root root     6 2007-09-10 19:40 K09samba -> /samba
-rw-r--r--   1 root root   556 2007-01-31 01:27 README
lrwxrwxrwx   1 root root    17 2007-09-02 00:31 S05vbesave -> ../init.d/vbesave
lrwxrwxrwx   1 root root    18 2007-09-01 23:11 S10sysklogd -> ../init.d/sysklogd
lrwxrwxrwx   1 root root    15 2007-09-01 23:11 S11klogd -> ../init.d/klogd
lrwxrwxrwx   1 root root    23 2007-09-02 01:12 S12915resolution -> ../init.d/915resolution
lrwxrwxrwx   1 root root    17 2007-09-01 17:35 S16openvpn -> ../init.d/openvpn
lrwxrwxrwx   1 root root    17 2007-09-02 00:25 S18portmap -> ../init.d/portmap
lrwxrwxrwx   1 root root    24 2007-09-02 00:29 S19postgresql-7.4 -> ../init.d/postgresql-7.4
lrwxrwxrwx   1 root root    15 2007-09-01 23:12 S20acpid -> ../init.d/acpid

тут скрипты стратуют один за другим. в листинге указано имя S05vbesave и указано на что он ссылатся. Каталоги с 1 по 5 - режимы запуска. 0 - это выключение, 6 - перезагрузка. Соответственно в /etc/inittab прописаны все режимы и режим по умолчанию

убиваются демоны по тем же правилам, что и стартуют, только у них в имена начинаются не с S, а с K

Собсна это описано в любой книге по никсам или линуксу в частности.