>Кто-нибудь знает, как разархивировать zip  архив под линуксом, если в нем
>есть очень длинные имена файлов (больше, чем предел на файловой системе)?

Если по одному файлу, то легко:

unzip -p архив.zip очень-очень-длинное-имя > имя-покороче

Если файлов много, то можно небольшой скрипт написать, который это будет делать для каждого файла.