> ???
> .config

Спасибо!!!

Дома на debian x64 аналогичной верисии стоит та же сборка, все кнопки на месте и окно можно изменять мышкой.

/home/user/.config/vlc   - папка есть.
Там два конфига vlc-qt-interface.conf  vlcrc

Посмотрел содержимое, выяснить где кнопочки сразу не смог (если что выясню на работе), но решил скопировать конфиги на работу - попробую сначала удалить конфиги, а если вновь созданные дефолтные удовлетворять не будут - заменить конфиги.
Правда не знаю при замене будут ли проблемы всвязи с использованием конфигов от х64 на х32?