1. Темы, когда возможно, тянутся сами. Брать с хоста их нельзя, т.к. может быть другая версия GTK. Про несовместимость тем для разных версий можно говорить много чего, но факт есть факт.

2. Конфиги у приложений что на хосте, что в песочнице в точности те же самые. Расположены они в другом месте, да.
Например, ~/.var/app/org.gnome.Epiphany/config/epiphany/permissions.ini вместо ~/.config/epiphany/permissions.ini
Конкретно, вместо ~/.config ~/.var/app/$APPID/config, вместо ~/.local/share ~/.var/app/$APPID/data и вместо ~/.cache ~/.var/app/$APPID/cache.
И зачем может понадобиться править вимом конфиги гуевых приложений?..

3. "настраивать некоторые вещи из /etc отдельно для хоста и базового образа flatpak" -- что?
Которые вещи в etc? Что такое базовый образ flatpak?
Примеры в студию :)

4. virt-manager -- слегка особый случай. Ему нужно общаться с libvirtd на хосте, поэтому его запаковывать смысла особо нет. Это действительно проблема, но для таких случаев есть добавление пакетов через rpm-ostree install.

5. съевшее весь /var
А, в плане того, что приложения ставятся в /var, а не в /usr. Ну да, это именно для того, чтобы они были отдельны от системы. Про место я уже писал, там дедупликация. Первое приложение займет много места, а последующие очень мало.

6. выдавшее приложение, которым мне неудобно пользоваться
Например?

Вообще ощущение, что вы его пытаетесь использовать не для того, для чего он предназначен.