>Вы фрю когда в последний раз видели?Пакетный менеджер во фре очень даже хорошЪ

действительно давно )))) - а он уже умеет делать аккуратный update ????
Или как раньше сперва снес, потом поставил и правишь по новой конфиги?
И может зависимости подтянуть как yum/apt?

Вон у меня centos сам потихоньку апдейтит из security - только письма-отчеты читаю )))

>>в линуксе можно совмещать программы из исходников и пакетов
> В каком конкретном линуксе?

Да в любом и изначально. )))))