Найдите приложение, которое отвечает в этом дистрибутиве за смену раскладки (в идеале это должны были быть сами иксы, но чё то меня терзают смутные сомнения в сторону гномосятины), а дальше два варианта:
а) Откройте мануал по раскладке клавиатуры под иксами (копайте в сторону setxkbmap и xkeyboard-config), поймите, что и как вы хотите настроить, почитайте на хабре как народ это настроил. Последний шаг - снесите нахер приложение, которое отвечает за смену раскладки и порождает баги.
б) Почитайте, как настроить приложение, отвечающее за смену раскладки в вашем дистре и попробуйте его настроить. Но шанс того, что вы почините что-то очень низок, потому что Ажбек Кусулбекович и Джонни Джон Джонсонович вряд ли сильно старались или пытались продумать то, какие несовместимости могли возникнуть при напихивании всего подряд в дистр.

Проблема линуха только в одном - у него нету официального API для интерактивных, повседневных задач. Поэтому при попытке вполне законно заюзать нечто, чего нету в каком-то репозитории или не предусмотренно дистрибутивом, получается та же ситуация, что и под виндой, т.е. происходит помойка и вы сносите систему нахрен. Под маком такое провернуть сложно просто потому, что на маке большинство юзерей ограничивается аппстором, хотя впринципе там может работать всё, что написано под POSIX, Linux, BSD и вот это вот всё.
Не встречал ни одного дистрибутива, который был бы абсолютно голый (Arch и Gentoo такие же помойки, только графики нету), позволял скормить в себя любые пакеты, но САМОЕ ГЛАВНОЕ - решал проблему зависимостей и позволял бы изолировать друг от друга даже приложения, которые хотят понасоздавать своих папок и положить файлы с одним и тем же именем, но разным содержанием, в одно и то же место.