Пруфов того, что обнаруженные недостатки в выборе S-boxes, дающие статистически значимые закономерности в результате применения соответствующих перестановок, являются именно бэкдором, а не ошибкой разработчиков, разумеется, не существует. Если они и есть у имеющих доступ к гостайне, публикация таковых - очевидная госизмена.

То, что после публикации в открытом доступе статьи, указывающей на недостатки алгоритма, написанной независимыми криптоаналитиками, никакой реакции со стороны того же ФСТЭК не последовало, многие считают косвенным доказательством наличия бэкдора. Это, конечно, не факт: это может быть банальная упёртость и нежелание признавать ошибки, ведь результаты этих исследований могут быть использованы против России тем же АНБ США, это палка о двух концах.

Статья с исследованием SBoxes Кузнечика:
https://eprint.iacr.org/2016/071.pdf