я сначала начал писать большой ответ — а потом мне стало лень, извини. это по сложности и эффективности — примерно как пытаться пояснить, что такое «сладко», человеку, который в жизни пробовал только «солёно» и «горько». большинство твоих непоняток именно от того, что гит нихрена вообще не умеет — и ты считаешь, что так и должно быть. ну, примерно как: «а зачем в редакторе поддержка регулярок? у меня grep и sed есть, а редактор должен делать только своё дело: добавлять и убирать буковки.» так-то вариант, и SAM даже как-то так примерно написан, но… после того, как с нормальным редактором поработал — не очень удобно.

в общем, дело твоё, я просто поделился интерсным. когда будет настроение — можешь попробовать. конечно, потребует некоторых усилий на перестройку мозга — но лично у меня оно окупилось очень быстро.

p.s.: а SQLite, кстати — в том числе очень удобный кейвалуй. фоссил его и использует как кейвалуй для хранения манифестов и дифов — и оные манифесты с дифами можно в любом другом хранилище держать, оно не так важно. поверх этого там строится куча дополнительных таблиц для удобства — но это уже сервис, все эти таблицы создаются на основе манифестов, их можно выкинуть и построить заново в любой момент. и использовать их совершенно необязательно.