А, еще 1 штука. Pre/post install скрипты всякие и т.п.. MSI это все тоже умеет. Криво и мучительно, но все же. Это иногда важно. Без этого "пакетный менеджер" может жестко уткнуться на простой и тупой проблеме.

В дебиане это все довольно развито. Можно внешние хуки регать. Так что качнув воооон тот дистро кернел оно потом сперва initrd ему в пару сгенерит, а потом еще что-то может. Ну там в меню бутлоадера вот именно ЭТОТ кернел вписать 1 из опций. Или вон тот kernel-flasher может на втрамбовать при установке пакета  кернел на отдельный партишн (в эмбедовке). Хоть пакет так сам по себе изначально и не умел - а platform knowledge ему привили где-то сбоку. И так далее. Покажи это RAR'ом, да? MSI наверное можешь потрепыхаться, если с катушек быстрее не слетишь.