Я так думаю: составляем список типов прикладных программ.
Берем один образец для каждой категории, кладем в репозиторий, при необходимости ставим.
Проблема не в репозитории, а в фрагментации софта и разработчиков, каждый студент начинает писать свою уникальную программу, выкладывает её в своём гитхабе. Программа конечно не компиилруется, ругаетя на зависмости, а по окончанию ВУЗа бывший студент забрасывает её.
Если для каждойй сферы человеческой деятельнсоти будет свободная программа аналог проприетарной, написанная под конкретную среду рабочего стола, то никаких проблем не будет.
Поставил базовую, голую систему, а дальше исходя из потребностей, хочешь СПО-шотошоп, СПО-3дмакс, СПО-видеоредактор, СПО-ещё какую-нибудь программу.
Тут две проблемы, что для серьезного профессионального софта нет полноценной СПО замены, вторая, что они все базируются на своих тулкитах, которые соответсвенно тянут за собою свои зависиомтсти. Искать и ставить прикладной софт из одного источника это логично и рационально. Гуглить необходимую утилиту которая требует определенную версию .NET Framework и ставить независымым инсталлятором это и есть костыль. Разве от хорошей жизни народ сделать один установочный пакет для всех сразу .NET Framework