> Есть простое правило, если с данными работают атомарно (не нужно читать или изменять отдельные поля внутри), то так даже эффективнее хранить в одной колонке.

Здесь принцип деления совершенно другой: в БД может быть форматная обязательная часть данных и неформатная в виде документа. Раньше были отдельные СУБД для форматных данных с чёткой схемой и специальные документные СУБД. Поле JSON в PG существует для объединения этих двух подходов  в реляционной СУБД. Таким образов в колонки по прежнему уходят форматные данные, а документ в JSON. Раньше документ приходилось хранить в виде блоба и декодировать только на клиенте. C JSON можно строить индексты по документам и работать с ним прямо из SQL. Вот и вся магия с JSON полем. Хранить обычные колонки в JSON поле не эффективно.