Исключительно по пунктам:

>1) GUI современных ОС выстрадан временем и весьма схож на разных платформах.
>Для обеспечения преемственности GUI на Линуксе можно и нужно сделать практически
>идентичным Виндовому. Красота и пестрота дистрибутива здесь ни к чему.

Э-э.. Какому Виндовому? 9х? WinXP? А может (чего мелочиться) сразу Vista? Как M$ в последнее время изменило свои интерфейсы?

>2) Автоматизацию, основанную на Word, Excel, OpenOffice или иных так называемых офисных
>программах считаю "великим заблуждением интегратора". Это не автоматизация, а скорее её
>подмена, фикция. Такая "автоматизация" терпима на рынке SOHO, но никак ни
>в госструктурах и не в больших компаниях.

Разве что на данном этапе и вводить ее, эту, "настоящую" автоматизацию.  
А пока, ИМХО, вся автоматизация _в большинстве_ и строится на основе офиса.

>3) В госструктурах должны эксплуатироваться специализированные автоматизированные системы, БД и АРМы, а
>не просто набор офисных приложений.

Согласен. Полностью. А пока - см. выше.

>4) Обучение операторов (пользователей) всё-таки лучше организовать, а не полагаться на их
>"опыт". Часто бывает, что человек, проработавший с Вордом несколько лет, никогда
>не использует стили, а абзацы выравнивает множеством пробелов.

Угу. Бывает. Так этим обучением и занимаются.. школы,.. университеты.. Или Вы можете назвать учебные заведения, готовящие (или, хотя-бы курсы) операторов именно для гос. структур? Все на общих основаниях.

>5) Для проектов такого масштаба нужно ПОДГОТАВЛИВАТЬ своих сисадминов, а не заказывать
>аутсорсинг.

И с админами та-же ситуация. Исключение, ИМХО, секретка.
Ну нет пока программы подготовки кадров именно для гос. структур.