Коммент конечно развернутый, но человек либо не в теме, либо намеренно искажает. Апплеты делятся на подписанные и нет. Неподписанные запускаются, действительно молча, но им ничего описанного из выше не разрешено, ни файлов (даже на чтение) ни сокетов к произвольным хостам, а только к тому, с которого он был запущен, ни JNI (подгрузить библиотеку в нативном коде и выполнить из нее метод) и еще много чего. Подписанные апплеты могут почти все, однако JVM активно интересуется у пользователя, запускать ли это хозяйство, когда они стартуют, даже если цифровая подпись верна, а если не верна, то орет еще сильнее. Естественно, будучи однажды запущенным подписанный апплет может сделать так, чтобы больше про его запуск никто не спрашивал (ключевые слова Java KeyStore).
Так что неподписанные апплеты нужны как прослойка между Web серверов и тем что отображается пользователю в браузере (он может отображать сам или быть поставщиком данных для JS кода). Зачастую они разгружают Web сервер выполняя какую-то часть обработки данных. Подписанные апплеты - полнофункциональные приложения, инициируемые посредством браузера и переоценить их весьма сложно. Как уже приводилось ранее, это, например, банковские приложения, или медицинские приложения (у нас нет такого, а за границей доктора карточки пациентов в таких ведут с ноутбука прямо от больного) или приложения удаленного доступа (как Citrix ICA Client). Если приложение написано правильно и не завязано на конкретную платформу или версию JVM, то оно запуститься без установки и без наличия расширенных прав на многих ОС.