>Вот такая без шейпера(это минимум что показывало)http://www.speedtest.net/result/570047431.png и с шейпером http://www.speedtest.net/result/570321717.png. Запущен
>этот скрипт http://home.ddns.mobi/tmp/firewall, хотя на сам фаирволл ругается.

1. На рисунках разное время. Поэтому они мало о чем говорят, это должны быть два снимка подрят, с шейпером и без.
2. Не совсем понятно, к какому трафику относится измеренное значение, уточните источник, и тип пакетов.
3. И просто измерьте скорость iptraf, (там где детали Вашего инет интерфейса) для двух вариантов ПОДРЯД, мне так будет понятнее.
Жду результатов.

По фаерволу. Ну еще бы ему не ругаться :-)
Этот текст нужно было поместить в функцию, где-то в середине текста, среди других функций:
FirewallStart(){
и т.д.
}
А саму функцию вызывать из:
case "$1" in
start)
    FirewallStart
...
stop)
    ShaperStopAll
    Marking "-D"
    FirewallStop

Соответственно:
FirewallStop(){
    # Выключить перенаправление пакетов через ядро.
    echo 0 > /proc/sys/net/ipv4/ip_forward
    # Сбрасывем все правила
    # Удаляем все цепочки
    $IPT -F
    $IPT -X
    $IPT -t nat -F
    $IPT -t nat -X
    $IPT -t mangle -F
    $IPT -t mangle -X
    # Открываем доступ к данному серверу. Доступ в интернет закрыт
    # т к отключен NAT и запрещена пересылка пакетов между интерфейсами.
    # Доступ из интернета к серверу так же запрещен
    # Использовать только для отладки. Не допускается использование в рабочем режиме
    $IPT -P INPUT DROP
    $IPT -P FORWARD ACCEPT
    $IPT -P OUTPUT ACCEPT
    # Разрешаем доступ из локальной сети
    $IPT -A INPUT -i $DEV_IN -j ACCEPT
    ############################################################################
}

Тоже помещаем в ПЕРЕДНЮЮ часть скрипта (функции описываются ДО вызова)