Есть, как ни странно.

1. Оверхед на разделение ресурсов (небольшой по CPU, серьезный по памяти, еще более серьезный - по диску).
2. Если падает железо - страдает многое. Даже имея shared storage и онлайн-миграцию - все равно получаем несбалансированную загрузку на нодах, т.е. желательно держать как минимум N+1 площадку, а в случае больших инсталляций - и N+M.
3. Бывают грабли в самих виртуализаторах. Выливается в эпические баги на дисковых подсистемах (ESXi+DAS любит "болеть"), либо в п.2.
4. Несколько неудобно, когда нужно отдать виртуалку клиенту с овербукингом - например забывает клиент поставить ballooning driver - и всё, имеем его кеш, сожравший память.

Это навскидку. Удобства и плюшек не отменяет - пользовались, пользуемся и будем пользоваться в широком спектре задач.