Имхо, главная причина такова: сайты обычно делают не хозяева, а студии. Студии имеют долю от продажи Битрикса клиенту и хотят иметь эти деньги. Многое из того, что клиент хочет, кое-как реализовано в Битриксе, для того, чтобы продать клиенту решение, этого достаточно. Для того, чтобы сделать его таким, какое на самом деле нужно клиенту, придется потрудиться, но оплачивать этот труд опять же клиенту - куда он, подсев на Битрикс, денется?