Имхо, идея отделить "извратные пользовательские хотелки" от системного софта как бы довольно правильная. То что их через репы отдавать будут хотя бы  и отдельные, это хорошо, работ по обновлению админу меньше. Линковка с либами то же понятна, дополнительный каталог с симлинками в хомяке много не весит.
Непонятно другое. Туда быстро напихают всякого пропиетарного софта и возникает пара жеских вопросов. Как эту лицензионную чехарду сопровождать и в какой узде держать этот пропиетарный табун. Этот табун начнет такие скачки по интернетам устраивать, мало не покажется, никогда не узнаешь что правильно, а что нет, это не opensource, на его код не посмотришь. Раньше такие проблемы через виртуализацию решали, а теперь всю эту хламуду в базовую систему затаскивать предлагают. Я понимаю что это точили под телефоны-смартфоны, но одно дело однопользовательский мобильник, а другое многопользовательская система.  Так что на мой взгляд, "спасибо , но это нечто несъедобное".