В логе модерирования может нарушаться порядок прикрепления цепочки удалённых ответов, это известная проблема. Я пару раз менял алгоритм вывода, но исправление одной проблемы приводило к появлению других. Информация об удалённых сообщениях хранится отдельно от активной ветки, а в самой ветке привязка к родительским сообщениям косвенная (хранится упорядоченный список с указанием уровня в ветке), поэтому при выводе лога модерирования приходится с некоторой эвристикой создавать сводную ветку на основе уже изменившегося к тому моменту состояния активной ветки.