>Конфигурит нормально, а вот потом бред.
>make
>make  all-recursive
>make[1]: Entering directory `/usr/temp/gd-2.0.33'
>Making all in config
>make[2]: Entering directory `/usr/temp/gd-2.0.33/config'
>make[2]: Цель `all' не требует выполнения команд.
>make[2]: Leaving directory `/usr/temp/gd-2.0.33/config'
>Making all in test
>make[2]: Entering directory `/usr/temp/gd-2.0.33/test'
>make[2]: Цель `all' не требует выполнения команд.
>make[2]: Leaving directory `/usr/temp/gd-2.0.33/test'
>make[2]: Entering directory `/usr/temp/gd-2.0.33'
>/bin/sh ./libtool --mode=link gcc  -g -O2  -L/usr/local/lib -Wl,-rpath,/usr/local/lib  -o
>annotate  annotate.o ./libgd.la -ljpeg -lpng12 -lz -lm
>gcc -g -O2 -Wl,-rpath -Wl,/usr/local/lib -o .libs/annotate annotate.o  -L/usr/local/lib ./.libs/libgd.so -ljpeg
>/usr/local/lib/libpng12.so -lz -lm -Wl,--rpath -Wl,/usr/local/lib
>./.libs/libgd.so: undefined reference to `jpeg_simple_progression'
>./.libs/libgd.so: undefined reference to `jpeg_CreateDecompress'
>./.libs/libgd.so: undefined reference to `jpeg_CreateCompress'
>./.libs/libgd.so: undefined reference to `jpeg_save_markers'
>./.libs/libgd.so: undefined reference to `__iob'
>collect2: ld returned 1 exit status
>make[2]: *** [annotate] Ошибка 1
>make[2]: Leaving directory `/usr/temp/gd-2.0.33'
>make[1]: *** [all-recursive] Ошибка 1
>make[1]: Leaving directory `/usr/temp/gd-2.0.33'
>make: *** [all] Ошибка 2
>
>Jpeg библиотеки установленны, что делать незнаю.

А конфигурилось с опцией --jpeg-dir (или --with-jpeg=/path/to/libs, не помню как там точно, главное, с указанием каталога) или без?