>Доброго времени суток уважаемые знатоки!
>У меня такая проблема. Установил с портов apache13-modperl. Настроил по описанию.

Уточни, где описание брал.

Прописал
>в httpd.conf:
>
> Alias /perl/ /my/perl/
>  PerlModule Apache::Registry
>  <Location /perl>
>    SetHandler perl-script
>    PerlHandler Apache::Registry
>    Options ExecCGI
>    PerlSendHeader On
>    allow from all
>  </Location>
>
>
>в логах пишет Apache/1.3.37 (Unix) mod_perl/1.29 configured -- resuming normal operations -
>вроде всё нормально, а обрабатывать .pl не хочет - в броузер
>в коде выбрасывает. Как быть...

Еще 2 нюанса:
1. Добавь строки в httpd.conf в соответствующий раздел
AddHandler cgi-script .cgi
AddHandler cgi-script .pl

2. Проверь, чтобы права на файл и директорию были 755