>Скрипт работает в AMastak Perl.
>В скрипте открываю два файла: 1-й
>для считывания, 2-й для записи.
>
>Когда запускаю скрипт с сервера (Apache)
>выдается сообщение Error 500. Со
>свойствами скрипта все впорядке, пути
>к открываемым файлам прописаны верно.
>Думаю проблема в правах доступа
>к файлам.

Ищи причину неработы скрипта в error_log. Правь права доступа и проверь на отсутствие возврата каретки после #!/usr/bin/perl