Посмотри тут, я не проверял но может сработать http://www.mysqlperformanceblog.com/2013/11/05/how-to-recove.../
В любом случае сделай копию перед тем как что то менять)))

>[оверквотинг удален]
> бекапа нет, DDL таблиц нет, есть только каталоги с этими файлами.
> в my.cnf есть строчка: innodb_file_per_table.
> простое копирование каталогов в /var/lib/mysql не помогает. база видна, таблицы видны,
> но при доступе к таблице ошибка: ERROR 1146 (42S02): Table 'xxx'
> doesn't exist.
> innodb general troubleshooting  читал, но там не совсем то и везде
> предполагается, что есть либо бекап, либо DDL базы.
> методом научного тыка не пробовал, т.к. боюсь испортить то, что осталось.
> буду благодарен любым наводкам как выдернуть данные.
> спасибо.