Всем спасибо!Сделал так:
файл заливаю, передаю php-скрипту, в котором вылавливаю имя файла (из $_FILES) и копирую в определенный каталог с определенным именем,
после делаю редирект на CGI скрипт (чистый awk) и получаю обработанный файл.
Извращенно, потому что я знаю только bash, sed и awk.
Cовсем не знаю php, perl. Так же не знаю, как по HTTP передать stdin и получить это в CGI.
Мне проще было ознакомиться с минимальными основами php и наваять простейший промежуточный php-скрипт.
<?php
##print_r($_SERVER);
copy($_FILES["uploadfile"]["tmp_name"],
"/var/tmp/upload.txt"))
header('Location:http://10.0.2.1/cgi-bin/newfile');
exit();
?>