> (?!=\x00) как я понимаю эта конструкция будет искать \x00{2} после которых нет
> \x00, а в строке может быть и несколько кусков такого мусора.

видимо тут (?!\x00), и видимо оно будет учитывать что в мусоре \x00 не только в конце две штуки, ибо исходя из твоей формулировки мусор кончается двумя \x00, про наличие внутри ни сказано ниху ... ничего.
> Так что не сработает. Я поступил в "лоб" развернул строку и
> искал уже с конца \x00{2} и потом резал 70 байт.

Это какой-то бред.

Может сначала попытаться немного изучить perl regex? А не брать хау-ту рецепты без понимания?