> Речь то о том что апа под libc.so собранная gcc уже не будет работать и наоборот.

что значит "аппа под libc"? Это типа когда программист решает использовать функцию которая есть только в реализации clang, но нет в стандарте и соответственно нет в других компиляторах, которые следуют стандарту?

Если софт только в бинарном виде, то подкладываешь нужную либу, если софт в исходниках, то пересобираешь gcc и он прилинкует свои либы сам или заменяешь нестандартные функции на нормальную реализацию и снова собираешь gcc