>в фале /etc/security/limits.conf прописаны лимиты для юзера, при запуске любых файлов из
>шела все лимиты срабатывают, а вот когда запускается из крона от
>имени этого юзера лимиты устанавливаются по умолчанию...
>в чем тут дело?
>система RedHat 7.3

это устанавливается в pam_limits.so
посмотрите, где у вас настраивается PAM, у меня, например, в /etc/pam.d/
в частности, сравните в этом каталоге записи login и su