>Я в С/С++ не сильно рубаю (застрял на уровне указателей) поетому прошу
>сильно не пинать за чайниковский вопрос такого содержания - как произвести
>/субж/ с построчной трассировкой. Если открываю в gdb бинарь - говорит
>нету таблиц символов даже если в мейк-файле явно указал опцию "-g".

Посмотрите внимательно на makefile -- часом, не вызывается ли в нем strip?

Обычно, когда отсутствует include файл на который ссылаются файлы проекта так и получается - одна ошибка повторяется тысячу раз. Поэтому нет смысла пытаться хороший получить лист компиляции. Он итак сейчас видимо наилучший.
Нужно разбить проект на части и запастись терпением. Если хорошенько сосредоточиться то через какое-то время ты получишь результат.
А с компиляцией так почти всегда бывает.
Тысяча файлов - ну и что. Всё это хозяйство наверняка как-то фрагментировано. Конечно для решения задачи нужно знать c/c++ хотя бы на среднем уровне.
А вообще прикинь так ли уж тебе это нужно. Такие вещи делаются, но только в самом крайнем случае, когда отступать некуда абсолютно.