>не будет работать при "сложной" структуре директорий. Как минимум ls >*.php нужно
>заменить на find . -type f -name "*.php"
Точно. Поспешил. Тогда вот так:
#!/bin/sh
for i in `find . -type f -name "*.php"`
do
cat $i | col -bx > $i.new && rm $i && mv $i.new $i
done