>print pack("H*", $m_string) - выдает 5 байтов

assa$ perl -e 'print pack("H*", "00000a00");' | od -x

0000000 0000 000a
0000004

assa$ perl -v

This is perl, v5.8.7 built for i486-linux-gnu-thread-multi

попробуй print pack("H*", "12345678"); - есть маза, что твой pack или print добивает какой-нибудь \0 или \n, а под DOS может и \x1b...