Спасибо работает. Я тут сам вариант придумал, но ваша версия покороче будет!
Вот мой вариант:

struct _cfg *cfg, *ptr;
if(cfg == NULL)
{
  cfg = calloc(1, sizeof(struct config));
  cfg->var = malloc(strlen(var));
  cfg->val = malloc(strlen(val));
  strcpy(cfg->var, var);
  strcpy(cfg->val, val);
}
else
{
  ptr = calloc(1, sizeof(struct config));
  ptr->next = calloc(1, sizeof(struct config));
  ptr->var = malloc(strlen(var));
  ptr->val = malloc(strlen(val));
  strcpy(ptr->var, var);
  strcpy(ptr->val, val);
  ptr->next = cfg;
  cfg = ptr;
}