>Как сделать чтобы shell не проверял переменную ввиде директории на существование

В вашем примере он её и не проверяет на существование, он думает, что это программа и пытается её запустить, насколько понимаю.

>при запуске мне скрипт выводит что
>./myscript: /usr/foo/foo/: not found
>как от этого избавится ?

Вам нужно просто проверить, что перменная не пуста? Тогда можно так:

if [ -z "$var" ]; then
...

Вот так: var=/usr/foo/foo/

Из-за наличия $ у вас выполняется шеллом подстановка значения var.
Там ничего нет... в результате преобразования шелл получает строку /usr/foo/foo/
которую интерпретирует как вызов команды... он прав а вы нет :)))