кароче.

библиотека qt4 (есть open source version (в том числе и для винды))

в линухе тупо используя либо emerge, либо apt-get, либо yum (не знаю какой линух у тебя) тащишь qt из репозитрия и работаешь в ней (ну если не установил изначально).
для винды берешь с сайта разработчика trolltech.com, цепляешь к студии (если без IDE никак не можешь) и все. Можно не цеплять

Нужно только лицензию троллей изучить.

Далее проект писать максимально кроссплатформенно т.е. используя qt, stl, boost и другие независимые библиотеки.

В таком случае остается только вопрос сборки, который уже не вопрос, т.к. qt об этом позаботилось :) qmake/make и усе.