Для Debian(Ubuntu).

Корень: http://www.debian.org/doc/devel-manuals

C этого следует начать: http://www.debian.org/doc/devel-manuals.ru.html

Потом это: https://www.opennet.ru/docs/RUS/debian_pkg/debian_pkg-linux.h...

Почти пошаговые руководства нашел только для:
- debhelper     - Руководство начинающего разработчика Debian /см. google/
- dpkg-deb -b   - Debian Binary Package Building HOWTO /cм. google/

Интересный док "Making Debian packages from commercial software" http://www.debian-administration.org/articles/529

>Есть программа и нужно создать пакеты для линукс систем.
>Подскажите где можно почитать с примерами как сделать собственные пакеты RPM, DEB
>и т.д.
Мне лично так никогда и не пришлось осваивать ручную сборку пакетов (давно хотел разобраться на досуге, но всё лень).
Все мои проблемы по сборке любых пакетов решил checkinstall:
http://asic-linux.com.mx/~izto/checkinstall/

>Подскажите где можно почитать с примерами как сделать собственные пакеты RPM, DEB
>и т.д.

http://www.freesource.info/wiki/Dokumentacija/BuildPackages