sed или perl по вкусу. Ваша проблема, что вы не умеете _четко_ формулировать критерий. Могу попробовать за вас:
заменить символ $ на \\\$ в строках кончающихся на .sql, предполагая что в этих строках всего одно вхождение данного символа.
Итого имеем регекс
для perl s/\$(.*)\.sql$/\\\\\\\$$1/
для sed s/\$\(.*\)\.sql$/\\\\\\\$\1.sql/