>нет, это я аспирантка, и мне это нужно для работы.

Честно признаться, обычно нерадивым студентам и аспирантам (даже аспиранткам) не помогаю, тем
более, что доказать свою принадлежность к последним вы все равно не сможете (а сомнения на этот
счет у меня очень даже есть), но по случаю благодушного пятничного настроения сделаю исключение. :-)

cat file2 | while read line; do sed -i "/$line/d" file1; done

Если не хочется плодить лишний процесс с конвейером, можно сделать так:

while read line; do sed -i "/$line/d" file1; done < file2