Из-за двойных кавычек шелл воспринимает переменную $MYPATH как название каталога, а не выражение. К примеру, ты можешь задать команду
mkdir "1 2 3"
и получить каталог с названием '1 2 3', или задать команду:
mkdir 1 2 3
и получить три каталога с названиями 1, 2 и 3.

Три варианта:

1)
MYPATH=~/mypath
mkdir $MYPATH

2)
MYPATH="$HOME/mypath"
mkdir $MYPATH

3)
MYPATH="mypath"
mkdir ~/$MYPATH