> написал скриптик который переименовывает по порядку от 1 до ХХХ..n

$ man rename;
$ man mmv (но оно не у всех есть)

> почти доделал, все работает но хотел бы чтобы он автоматически определял сколько
> цифр использовать для имени.

Количество цифр в числе равно количеству раз, которое можно делить на основание системы счисления.

for ((x=311, k=0; x > 0; x=x/10)) do ((k++)); done;