> присваиваю %tmp=%hash и работаю ТОЛЬКО с %tmp, но при этом данные в
> %hash также меняются.

Вообще-то не должно быть такого. Вот минимальный пример:

$ perl -MData::Dumper -E '%hash=(key=>"foo"); %tmp=%hash; $tmp{key}="bar"; print Dumper \%hash, \%tmp'
$VAR1 = {
          'key' => 'foo'
        };
$VAR2 = {
          'key' => 'bar'
        };

Приведите минимальный пример, где наблюдается поведение, которое вы описали. Не используются ли там ссылки?